如果没有选择的余地，所有人都一样，就没有差别，没有自主性，也就没有个性化。“远林系统”的个性化教学思想主要体现为课程的差异性和学生在学习过程中的“自主选择权”。
课程的“差异性”主要表现为“远林系统”中每门课程有多个“培养目标层次”（一般分为高、中、低三个层次），不同“奋斗目标层次”之下必须学习掌握的知识结构网络是不同的。
“学生自主选择权”主要表现为学生可以选择“自主学习”模式，学什么全由学生自己决定；也可以选择“系统学习”模式，由程序决定学什么。
即使在“系统学习”模式下，学生也有很大的自主决定权：虽然学生在开始学习的时候由系统自动测试学生的当前知识水平，并据此提出“目标层次”和“学习起点”的建议，但是学生可以不接受这个建议，而自主选择学习的目标层次和起点；每一个知识点的讲解，学生可以慢慢地仔细学，也可以大概浏览，甚至不学，有很大的自主决定权，但是必须通过每一个知识点的测试；学生在当前知识点的学习中如果发生困难，程序会自动提示需要补学的一些相关的先前知识，学生自主决定是否通过点击“超链接”来复习这些先前学过的知识；学生学习一段时间之后，程序会自动评价学生的目标层次是否合适，必要时提出提高或降低目标的建议，学生可以自主决定是否接受程序的建议。若目标提升，程序会自动补上高一层次先前未学的知识点。